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2009年，三峽大學(xué)整合水利、土木、生態(tài)學(xué)等優(yōu)勢學(xué)科資源，申報獲批三峽庫區生態(tài)環(huán)境教育部工程研究中心，并于2013年通過(guò)教育部驗收。

中心立足三峽庫區，輻射全國水利水電工程。建立了2個(gè)省級國際科研平臺；加入了5個(gè)關(guān)于長(cháng)江大保護的國家級、省部級平臺，為“長(cháng)江經(jīng)濟帶”、“長(cháng)江大保護”和水庫高效運行提供科技支撐。形成了三峽庫區水污染控制與水華應急技術(shù)、三峽庫區庫岸防護與生態(tài)恢復技術(shù)和工程影響?hù)~(yú)類(lèi)保護與過(guò)壩技術(shù)3個(gè)特色方向，具有較強的團隊攻關(guān)能力和解決工程影響的生態(tài)環(huán)境問(wèn)題能力。建成特色鮮明、國際上有影響、國內一流的水利水電影響下的生態(tài)環(huán)境工程研究中心。三峽庫區生態(tài)環(huán)境教育部工程研究中心以持續改善長(cháng)江生態(tài)環(huán)境為目標，聚焦三峽水庫支流庫灣富營(yíng)養化和水華問(wèn)題、水庫消落帶生態(tài)恢復問(wèn)題和大壩阻斷魚(yú)類(lèi)洄游通道等突出環(huán)境問(wèn)題，持續對長(cháng)江大保護修復攻堅戰提供決策支持。